W 1936 r. Dowódca Polskiej Marynarki Wojennej kontradmirał Józef Unrug zatwierdził statut stowarzyszenia Wojskowego Klubu Sportowego „Flota” Gdynia. Oznaczało to dużą samodzielność szczególnie w kwestii nabywania lub dzierżawienia nieruchomości i ruchomości oraz podczas zawierania wszelkiego rodzaju umów a także zarządzania własnym majątkiem.
W owym czasie WKS „Flota” Gdynia liczyła sześć sekcji: piłki nożnej, pięściarstwa, szermierki, lekkiej atletyki, pływania i ciężkiej atletyki. Terenem działalności Klubu była Gdynia i okręty RP.
Pieczęć przedwojenna WKS „Flota” Gdynia, archiwum MSiT – akta sportu marynarskiego
Do osiągnięcia powyższych celów Klub dążył zachowując obowiązujące rozkazy i przepisy prawne poprzez:
- zapewnienie członkom Klubu opieki sportowo-lekarskiej,
- urządzanie zawodów sportowych oraz współpracowanie w organizowaniu zawodów wojskowo-sportowych Floty,
- umożliwianie swoim członkom korzystania ze sprzętu sportowego i stałych urządzeń sportowych,
- wszelkie inne dozwolone sposoby mogące przyczynić się do osiągnięcia celów Klubu.
- WKS „Flota” Gdynia współdziałała w pracy związanej z wychowaniem fizycznym z Dowódcą Floty, któremu podlegała działalność Klubu, jego gospodarka materiałowa i pieniężna. Nadzór nad funkcjonowaniem sportu w wojsku sprawował Państwowy Urząd Wychowania Fizycznego i Przysposobienia Wojskowego
- poprawienie stanu zdrowia i poziomu sprawności fizycznej członków Klubu w efekcie uprawiania ćwiczeń ruchowych we wszelkich dziedzinach sportu,
- rozbudzanie zamiłowania do uprawiania ćwiczeń ruchowych i sportu wśród żołnierzy służby czynnej i rezerwy oraz ich rodzin, a ponadto wśród młodzieży w ramach przysposobienia wojskowego i osób pracujących w organizacjach przysposobienia wojskowego,
- współpracowanie z Dowódcą Floty i z organizacjami przysposobienia wojskowego w prowadzeniu pracy sportowej,
- udział w ogólnopolskim życiu sportowym.
Sekcje sportowe Klubu należały do właściwych Polskich Związków Sportowych,a za ich pośrednictwem do międzynarodowych federacji sportowych kierujących daną dyscypliną sportu. Spośród zasłużonych zawodników, trenerów i wychowawców, pełniących służbę w przedwojennej Marynarce Wojennej, twórców marynarskiego życia sportowego, związanych ze sportem marynarskim i „Flotą”, przez długie lata przypadające zarówno na okres przedwojenny, jak i po wojnie, wymienić należy: Franciszka Lendziona, Józefa Zielińskiego, Czesława Śliwę, Stanisława Małkowiaka, Cziloka, Stanisława Woryńczaka, Władysława Grechutę, Stanisława Żochowskiego, kpt. Piotrowskiego, kpt. Staniszewskiego, kpt. Karpińskiego i kpt. Tymińskiego.Pomyślna działalność WKS „Flota” Gdynia została przerwana w chwili wybuchu II Wojny Światowej. Wielu sportowców, trenerów i działaczy Klubu brało czynny udział w walkach na Wybrzeżu. Wielu z nich zginęło, a ci, którzy ocaleli zostali wzięci do niewoli niemieckiej lub podjęli dalszą walkę zbrojną w konspiracji albo walcząc na wszystkich morzach i oceanach w Polskich Siłach Zbrojnych na Zachodzie. Były jeniec oflagu w Woldenbergu, Stanisław Żochowski, napisał w swych wspomnieniach, że utworzony w niewoli klub sportowy nazwany został „Kotwica”, aby nie postponować słabszym poziomem sportowym dobrego imienia WKS „Flota” Gdynia, reprezentującego całą Marynarkę Wojenną. Zgodnie z rozkazem Dowódcy Marynarki Wojennej w dniu 30 października 1946 r. odbyło się walne zebranie WKS „Flota” Gdynia. Na tym zebraniu wybrano Zarząd Klubu i przemianowano nazwę na „Klub Sportowy Marynarki Wojennej FLOTA”. Równocześnie powołano do życia następujące sekcje sportowe: strzelecką, piłki nożnej, lekkoatletyczną, bokserską, ciężkiej atletyki, pływacką, piłki ręcznej, gimnastyki przyrządowej, szermierczą, żeglarską, tenisa stołowego, szachową, wędkarską. Sekcje składały się przede wszystkim z pasjonatów, z rzadka trenerów lub instruktorów danej dyscypliny sportowej
W 1936r. po powstaniu WKS „Flota” w Gdyni, sekcja bokserska została zgłoszona do Polskiego Związku Bokserskiego. Jej kierownikiem został por. mar. Romuald Nałęcz Tymiński, trenerem Stefan Matuszewski, w zarządzie natomiast działali oddani przyjaciele Tymińskiego – por. mar. Feliks Minkiewicz i ppor. mar. Eugeniusz Gąsiorowski. Sekretarzami sekcji zostali: bosman mat Edmund Anderman i ppor. mar. Kazimierz Goska. Działanie kierownictwa sekcji i entuzjazm zawodników zostały odpowiednio wynagrodzone. W 1938r. sekcja bokserska WKS „Flota” zdobyła drużynowe mistrzostwo Pomorza, czwarte miejsce w Drużynowych Mistrzostwach Polski i Wicemistrzostwo Sił Zbrojnych. Rok 1939 przyniósł ukoronowanie wysiłków włożonych w marynarce wojennej w rozwój pięściarstwa przez zdobycie tytułu mistrza armii.
Sekcja powstała i rozwijała się w początkowym .okresie podobnie jak sekcja piłki siatkowej, dzięki zdobyciu czołowych miejsc przez reprezentację Marynarki Wojennej w mistrzostwach Wojska Polskiego (I w 1947, oraz II w latach 1946, 1951, 1952) oraz zgłoszeniu sekcji do rozgrywek w gdańskiej Klasie A. W rozgrywkach tych drużyna koszykarzy zdobyła w sezonie 1947/1948 tytuł mistrza grupy. Nie uzyskała jednak awansu do wyższej klasy. W 1953 wycofano zespół z cywilnych rozgrywek mistrzowskich i wprowadzono wewnętrzne rozgrywki kół sportowych Marynarki Wojennej. Sekcja istniała jeszcze przez pewien czas, szkoląc reprezentację Marynarki Wojennej do startów w mistrzostwach Wojska Polskiego.
Drużyny piłkarskie „Floty” rozgrywały spotkania i odnosiły zwycięstwa nie tylko w mistrzostwach Marynarki Wojennej, ale też w spotkaniach z gdyńskimi drużynami i drużynami Pomorza. Rozgrywane były również mecze z reprezentacjami okrętów innych flot, jak np. remis ze Szwedami 2: 2 w Sztokholmie w 1938 r. oraz zwycięstwo w Gdyni w meczu rewanżowym 7′: 1 w 1939 roku. Organizowane były spotkania z wieloma renomowanymi drużynami polskimi (m.in. z Ruchem i Cracovią) oraz z zagranicznymi zespołami, jak z węgierskim klubem z Budapesztu (7 : 1 dla „Floty”) oraz KS „Wacker” Wiedeń (2 : l dla „Floty”). Wysoki poziom jedenastki „Floty” spowodował, iż zakwalifikowana ona została w 1939 roku, z pominięciem rozgrywek w klasie „B”, do wyższych eliminacji. Po zwycięstwach w eliminacjach nad „Brdą” Bydgoszcz i „Gwiazdą” Bydgoszcz, „Flota” awansowała tuż przed wybuchem wojny – obok polskiego zespołu „Gedania” z byłego Wolnego Miasta Gdańska – do pomorskiej A klasy.
Piłka siatkowa zdobyła sobie, jako dyscyplina sportowa dużą popularność wśród kadry zawodowej i marynarzy, załóg okrętowych i stanów osobowych jednostek brzegowych MW już w 1946 roku. W latach 1946-1950 ograniczono się jednak do rozgrywek wewnętrznych między jednostkami Marynarki Wojennej. Po tych rozgrywkach wyłaniano najlepszych zawodników do mistrzostw Wojska Polskiego. Wywalczenie przez reprezentację Marynarki Wojennej I miejsca w piłce siatkowej w mistrzostwach Wojska Polskiego w latach 1947, 1950 i 1951 zachęciło kierownictwo sportu Marynarki Wojennej do zgłoszenia tego zespołu do rozgrywek mistrzowskich na szczeblu wojewódzkim. W tym czasie w jednostkach MW służbę pełniło wielu wartościowych zawodników, m.in.: Żochowski, Krajewski, Surmacewicz, Gembski, Dorocinkowski, Faszcza, Zoń, Malawski i inni.
Kontynuując sławę przedwojennych reprezentantów „Floty” w szabli i szpadzie sekcja szermierki, już w pierwszych po wyzwoleniu mistrzostwach Wojska Polskiego wzbogaciła swój sportowy dorobek, zdobywając tytuł drużynowego mistrza Wojska Polskiego w bagnecie. W składzie tej zwycięskiej drużyny walczyli wówczas: Grechuta, Woryńczak, Zieliński, Kaźmierski. Sukces ten powtórzony został także w następnym roku. W konkurencji walki na bagnety znaczne sukcesy indywidualne, aż do tytułu mistrza Wojska Polskiego i Polski włącznie, odniósł czołowy szermierz „Floty” Marian Paliga. Ten Świetny szermierz władał także po mistrzowsku szablą. Te predyspozycje umożliwiały mu z powodzeniem zająć się pracą trenerską we „Flocie”. Do czołowych zawodników sekcji w tym czasie zaliczyć należy również Stanisława Żochowskiego, Włodzimierza Pogodę, Kazimierza Nowego. Szermierze „Floty” i Marynarki Wojennej zajmowali w mistrzostwach Wojska Polskiego organizowanych w latach 1946-1955 zawsze czołowe miejsca w klasyfikacji zespołowej